Mancha-alvo, cercosporiose, ferrugem-asiática, anomalias, podridão, antracnose, septoriose e outras doenças estão entre as principais ameaças à produtividade das lavouras de soja.

As doenças têm alto potencial de dano, e controlá-las se torna um desafio cada vez mais complexo. Muitos fatores precisam ser levados em consideração na estratégia de controle, como a regionalização, o índice pluviométrico, o clima, a fase da cultura e a cultivar.