Professeur à l'École polytechnique de 2003 à 2015, Frédéric Magniez co-construit le premier cours de l'école dédié à l'informatique quantique. Il crée et anime en 2006 le groupe de travail national d'Informatique quantique, qui rassemble actuellement 20 équipes de recherche. De 2013 à 2017, il dirige l'équipe Algorithmes et complexité, dont la recherche en informatique quantique est mondialement reconnue. En 2015, il devient directeur adjoint de la Fondation des sciences mathématiques de Paris, un réseau d'excellence regroupant 1 200 chercheurs en sciences mathématiques et informatiques, avant de prendre la direction de l'IRIF en 2018.