Православная церковь Первоверховных Святых Петра и Павла на пожертвования прихожан была построена в 1908 году. Участие в строительстве принимала жена тогдашнего Вильнюсского губернатора Петра Верёвкина София Верёвкина.

Собранных средств на строительство каменного храма не хватило, поэтому была возведена эта деревянная Петропавловская церковь.

При церкви было православное кладбище. Приход рос, небольшая церквушка не вмещала всех верующих Новой Вильни, поэтому было решено построить новую, каменную церковь, но эти планы расстроила Первая мировая война.

В годы войны недостроенную церковь немцы разобрали, а кирпичи использовали для строительства порохового завода. В межвоенное время молельный дом был возрожден. В 1955 г. проведен капитальный ремонт церкви, построена новая колокольня.

Службы в церкви Первоверховных апостолов Святых Петра и Павла в Новой Вильне проходят до сих пор.